Mae chwynladdwyr yn gweithio trwy ymyrryd â phrosesau ffisiolegol a biocemegol chwyn trwy sylweddau cemegol, gan arwain at eu marwolaeth neu eu hatal rhag tyfu. Mae mecanweithiau gweithredu chwynladdwyr yn amrywiol, gan gynnwys yn bennaf y canlynol:
1. Ymyrraeth â ffotosynthesis: Er enghraifft, mae chwynladdwyr triazine yn rhwystro'r gadwyn cludo electronau ffotosynthetig, gan achosi i chwyn farw oherwydd na allant syntheseiddio egni;
2. Atal synthesis asid amino: Er enghraifft, mae glyffosad yn atal EPSP synthase, gan rwystro synthesis asidau amino aromatig;
3. Amharu ar raniad celloedd: Er enghraifft, mae chwynladdwyr dinitroaniline yn atal ffurfio microtiwbwl, gan atal rhaniad celloedd;
4. Dynwared hormonau planhigion: Er enghraifft, mae 2,4-D yn gorsymbylu twf, gan arwain at chwyn anffurfiedig a chwyn marw. Mae detholedd chwynladdwyr yn dibynnu ar y gwahaniaethau metabolaidd rhwng cnydau a chwyn; mae chwynladdwyr nad ydynt yn ddetholus yn cael effaith ladd ar bob planhigyn.
