Mae angen rhoi sylw i sawl agwedd ar storio diheintyddion. Yn gyntaf, dylid storio diheintyddion mewn lle sych, oer ac wedi'i awyru'n dda. Gall tymheredd a lleithder uchel achosi diheintyddion i bydru neu ddirywio, gan leihau eu perfformiad. Ar dymheredd uchel, gall rhai cydrannau o'r diheintydd gael adweithiau cemegol, gan leihau ei effaith bactericidal yn sylweddol; tra gall lleithder achosi i'r diheintydd amsugno lleithder, gan effeithio ar ei sefydlogrwydd a'i effeithiolrwydd. Yn ail, dylid osgoi golau haul uniongyrchol. Gall pelydrau uwchfioled yng ngolau'r haul niweidio cydrannau'r diheintydd, gan gyflymu ei broses ddirywiad. Ar yr un pryd, dylid dilyn y gofynion storio ar gyfer diheintyddion, gan roi sylw i'r dyddiad dod i ben, ac osgoi defnyddio diheintyddion sydd wedi dod i ben. Efallai y bydd diheintyddion sydd wedi dod i ben wedi newid mewn perfformiad, gan fethu â chyflawni'r effaith bactericidal ddisgwyliedig, a gallant hyd yn oed gael effeithiau andwyol ar y system. Yn ogystal, ar gyfer rhai diheintyddion sydd â phriodweddau arbennig, megis diheintyddion fflamadwy, ffrwydrol neu wenwynig, mae angen mesurau storio arbennig i sicrhau diogelwch yr amgylchedd storio ac atal damweiniau. Yn ystod storio, dylid storio diheintyddion hefyd ar wahân i eitemau eraill er mwyn osgoi ymyrraeth ar y cyd.
